台灣光復之後，恆春地方人士有感於區域內醫療資源貧瘠、無法提供民眾充足的醫療服務；而欲赴外地就醫，又因地處邊陲，需長途跋涉，不惟勞民傷財，更有延誤時效之虞。故在鎮籍葉登祺先生(時任高雄縣參議會議長)等人之積極爭取下，本分院遂於民國三十八年六月一日正式成立，原名為『高雄縣立恆春醫院』。
民國四十年由於台灣省行政區域調整，本分院先改隸為『屏東縣立恆春醫院』，隔年旋奉上級指示更名『台灣省立屏東醫院恆春分院』，八十八年七月一日再因行政體制調整更名為『行政院衛生署屏東醫院恆春分院』。
本院因長期肩負，恆春半島居民及墾丁國家公園遊客，緊急救護責任，在各級長官及多位地方民代士紳努力下，於民國九十六年五月二日正式升格為『行政院衛生署恆春旅遊醫院』。一○二年七月二十三日再因行政體制調整更名為『衛生福利部恆春旅遊醫院』。
恆春分院 歷任院長─
郭金爐醫師(民國三十八年六月一日至四十年一月一日)
吳溪濤醫師(民國四十年一月一日至四十一年六月一日)
邱春桂醫師(民國四十一年六月一日至四十六年二月六日)
龔萬進醫師(民國四十六年二月六日至五十三年二月十六日)
高東輝醫師(民國五十三年九月十六日至五十五年二月十六日)
戴鐵雄醫師(民國五十五年二月十六日至五十八年一月十日)
許銀川醫師(民國五十八年一月十日至六十年九月五日)
李啟東醫師(民國六十年九月五日至六十一年二月二十一日)
雷永恩醫師(民國六十一年二月二十一日至六十三年三月一日)
吳正男醫師(民國六十三年三月一日至六十七年六月三日)
邱達海醫師(民國六十七年六月三日至七十年五月十一日)
蔡善言醫師(民國七十年五月十一日至七十年十一月五日)
簡武正醫師(民國七十年十一月五日至八十一年二月十三日)
康啟杰醫師(民國八十一年三月十九日至八十三年二月一日)
蔡光昭醫師(民國八十三年二月一日至八十七年三月十六日)
張世明醫師(民國八十七年三月十六日至九十六年三月二十三日)
吳彬安醫師(民國九十六年三月二十三日至九十六年五月二日)
恆春旅遊醫院 歷任院長─
吳彬安醫師(民國九十六年五月二日至九十九年十二月九日)
曾孔彥醫師(民國九十九年十二月九日至一百零四年九月九日止)
潘正欽醫師(民國一百零四年九月十日至一百零八年三月三十日止)
曾孔彥醫師代理院長(民國一百零八年三月三十一日至一百零八年七月三十日止)
徐國芳院長(民國一百零八年七月三十一日至民國一百一十三年一月十六日)
孫武代理院長(民國一百一十三年一月十七日至民國一百一十三年九月十一日止)
蔡昌宏院長(民國一百一十三年九月十二日迄今)
